Все сделал. Полностью переделал алгоритм и считывал посимвольно. Вот код, кому интересно.
#include <stdio.h>
#include <conio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
int main () {
FILE*f=fopen("input.txt","r");
int s[256]={0};
unsigned char i;
int j;
while(!feof(f))
{
fscanf(f,"%c",&i);
s[i]+=1;
}
for(j=0;j<256;j++)
{
if ((s[j]!=0)&&(j!=10))
printf("%c=%d\n",j, s[j]);
}
return 0;
}